Thunderbird ei oletuksena salaa sähköposteja. Tässä on Security In A Box:in opas sähköpostien salaamiseen Mozilla Thunderbird:illa, GNU Privacy Guard:illa (GPG) ja Enigmail laajennuksella.

Thunderbird voi valinnaisesti yhdistää Tor-verkon yli TorBirdy laajennuksella.

Vaikka Thunderbirdia voi käyttää pikaviesti- ja IRC-asiakasohjelmana, se ei tarjoa salausta.