Thunderbird non cifra le email in modo predefinito. Qui si trova una guida di Security In A Box per cifrare le tue email con Mozilla Thunderbird, GNU Privacy Guard (GPG) ed Enigmail.

Thunderbird può anche connettersi a Tor con l’addon TorBirdy.

Sebbene Thunderbird possa essere usato anche come client di chat e IRC, non permette la cifratura dei messaggi.